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À une époque où le divertissement est interdit, il y a un groupe d'idole qui propose des concerts clandestins malgré le danger. Le nom de ce groupe féminin est AKB0048.Jusqu'à la veille de l'anéantissement de la Terre, les AKB48 ont brillé comme des idoles légendaires. C'est l'histoire des idoles inter-galactiques qui ont hérité de ce nom.

Sur Lancastar, Nagisa, Yûka, Orine et Chieri vont assister en secret à un concert d'AKB0048. En effet, ce groupe d'idols défient les lois qui interdisent tout divertissement dans cette nouvelle société, depuis que l'humanité a commencé à coloniser l'espace. Dès lors, Nagisa et ses amies n'ont qu'un souhait : rejoindre ce groupe. Quatre ans plus tard, les 77^es auditions stellaires pour recruter les nouveaux membres d'AKB0048 ont lieu. Malgré les risques et la surveillance constante de l'Alliance supergalactique, Nagisa, Yûka et Orine ne peuvent pas laisser passer leur chance et tenteront de passer ces auditions…